Hai thiếu niên đến từ hai thế giới khác nhau sử dụng sức mạnh Ninja mới được phát hiện để bảo vệ rồng khỏi những kẻ hung ác muốn sử dụng sinh khí cho mục đích xấu xa.
Khi một trận chiến bùng nổ với tiến sĩ Eggman tàn phá vũ trụ, Sonic gấp rút băng qua nhiều chiều không gian song song để tìm lại bạn bè và cứu thế giới.
